create a count matrix based on overlap results from
calculateOverlap
Usage
# S4 method for class 'giotto'
overlapToMatrix(
x,
name = "raw",
spat_info = NULL,
feat_info = NULL,
type = c("point", "intensity"),
feat_count_column = NULL,
fun = "sum",
return_gobject = TRUE,
verbose = TRUE,
aggr_function = deprecated(),
poly_info = deprecated(),
count_info_column = deprecated(),
...
)
# S4 method for class 'giottoPolygon'
overlapToMatrix(
x,
feat_info = "rna",
type = c("point", "intensity"),
feat_count_column = NULL,
count_info_column = deprecated(),
...
)
# S4 method for class 'SpatVector'
overlapToMatrix(
x,
col_names = NULL,
row_names = NULL,
feat_count_column = NULL,
output = c("Matrix", "data.table"),
verbose = TRUE,
count_info_column = deprecated(),
...
)
# S4 method for class 'data.table'
overlapToMatrix(
x,
fun = "sum",
output = c("Matrix", "data.table"),
aggr_function = deprecated()
)
# S4 method for class 'overlapPointDT'
overlapToMatrix(
x,
name = "raw",
sort = TRUE,
feat_count_column = NULL,
output = c("Matrix", "exprObj"),
...
)
# S4 method for class 'overlapIntensityDT'
overlapToMatrix(
x,
name = "raw",
sort = TRUE,
output = c("Matrix", "exprObj"),
...
)Arguments
- x
object containing overlaps info. Can be giotto object or SpatVector points or data.table of overlaps generated from
calculateOverlap- name
name for the overlap count matrix
- spat_info
character. Polygon information to use
- feat_info
character. Feature information to use
- type
character. Type of overlap data (either 'point' or 'intensity')
- feat_count_column
column with count information. If a column called "count" is present in the feature points data, it will be automatically selected.
- fun
character. Function to aggregate image information (default = "sum")
- return_gobject
return giotto object (default: TRUE)
- verbose
be verbose
- aggr_function
deprecated. Use
funinstead.- poly_info
deprecated. Please use spat_info.
- count_info_column
deprecated. Use
feat_count_columninstead.- ...
additional params to pass to methods
- col_names, row_names
character vector. (optional) Set of row and col names that are expected to exist. This fixes the dimensions of the matrix since the overlaps information does not directly report rows and cols where no values were detected.
- output
data format/class to return the results as. Default is "Matrix"
- sort
logical (default = TRUE). Whether to perform a mixed sort on output matrix row and col names.
Examples
g <- GiottoData::loadGiottoMini("vizgen")
#> 1. read Giotto object
#> 2. read Giotto feature information
#> 3. read Giotto spatial information
#> 4. read Giotto image information
#> python already initialized in this session
#> active environment : 'giotto_env'
#> python version : 3.10
gpoly <- getPolygonInfo(g,
polygon_name = "aggregate",
return_giottoPolygon = TRUE
)
gpoints <- getFeatureInfo(g, return_giottoPoints = TRUE)
# calculate all transcripts overlapped
out_all <- calculateOverlap(gpoly, gpoints)
overlapToMatrix(out_all)
#> 337 x 462 sparse Matrix of class "dgCMatrix"
#> [[ suppressing 33 column names ‘1132915601442719251817312578799507532’, ‘1900302715660571356090444774019116326’, ‘2467888014556719520437642348850497467’ ... ]]
#>
#> Abcc9 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 5 . . . . .
#> Ackr1 . . . 1 . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> Ackr3 . . . . . . . . . . . . 2 . . . . . . . . . 2 . . . . . . 2
#> Adcyap1r1 3 . 2 2 . . . . 3 1 4 1 5 . 2 3 2 2 . 1 . 2 . . 1 . 3 . . .
#> Adgra1 . . . 1 . . . . 1 . 1 . . . . . . 2 . . . . . . . . . 1 . .
#> Adgra2 . 2 . . . . 1 . . . . . . . . . . . 1 . . . . . 1 . . . . .
#> Adgra3 . . 1 . . . 1 . . 1 1 . . . . . . . . . . . . . . . 1 . . 1
#> Adgrb1 1 . 7 1 1 . . 1 6 1 4 . 1 . . 1 3 . . . . 4 . . . . . . . .
#> Adgrb3 2 . 1 . . . . . 1 3 1 2 . . 5 . . 1 . . . 3 . . . . . . . .
#> Adgre1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> Adgrf2 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> Adgrf4 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> Adgrf5 . . . . . . 1 . . . . . . 1 . . . 1 . . . . . . . . . . . .
#> Adgrg1 . . . . . . 2 2 . . . 3 . 2 . . . . . . . . . . . . 1 1 . .
#> Adgrg2 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1
#> Adgrg4 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> Adgrg6 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> Adgrl1 1 . . . 2 1 . . . 2 . . . . 1 3 1 4 . . 1 7 . . . 1 . 1 . 1
#> Adgrl2 . . . . . 2 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> Adgrl3 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . .
#> Adgrl4 . . . . . . 1 . . . . . . 1 . . . . . . . . . . 1 . . . . .
#> Adgrv1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . .
#> Adora1 . . 1 . . . . . . 2 . . . . . . 2 1 . . . . . . . . . . . .
#> Adora2a . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> Adora2b . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> Adra1a . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . .
#> Adra1b . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> Adra1d 1 . . . . . . . 2 1 2 . . . . . 2 1 . . . 1 . . . . . . . .
#> Adra2a 1 . 1 . . . . . . . . 1 1 . . . . . . . . . . . . . 1 . . 1
#> Adra2b . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . . . .
#> Adrb1 . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . 1 . . .
#> Adrb2 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> Agtr1a . . 1 . . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . 2 . . .
#> Aldh1l1 . . . . . 1 . . . 2 . 4 . . 1 . . . 1 . . . . . . . 1 . 1 1
#> Alk . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4
#> Amigo2 1 . . . . . . . 2 . . . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . .
#> Anxa11 . . . . . . . . . . 1 . . . . 1 . . . . . 1 1 1 1 . . . . 1
#> Aplnr . . . . . . . . . . 1 . 2 . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> Aqp4 . . . . . . . 1 . 1 . 9 19 . 2 . 1 . . . . . . . . 1 11 1 1 .
#> Arhgap29 . . . . . 1 . . . 1 . . . . . . . 1 1 . . . 3 3 2 . . . 2 6
#> Ascl1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> Atp13a5 . . . . . . . . . . . 1 . . . . . . 3 . . . 5 . 9 . . . 4 10
#> Avpr2 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1
#> Axl . . . . . 1 . . . 1 . . 1 . . . . . . . . . . . . . 3 . . 1
#> Baiap2 5 . 3 . . 1 . 1 4 4 5 . . . . 1 2 3 2 3 . 6 . 1 . . . . . .
#> Bdkrb1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> Bdkrb2 . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> Blank-161 . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1
#> Blank-155 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> Blank-152 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> Blank-148 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> Blank-145 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> Blank-139 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> Blank-128 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> Blank-127 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> Blank-104 . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> Blank-95 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> Blank-83 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> Blank-80 . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> Blank-69 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> Blank-57 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . . . .
#> Blank-45 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> Brs3 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> C1qa . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> C1qb . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> C3ar1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> C5ar1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> C5ar2 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> Calcrl . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2 . . . . . . . .
#> Casr . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> Cckbr . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> Ccr1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> Ccr2 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> Ccr9 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> Ccr10 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> Cd300c2 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> Celsr1 . . . . . . . . . . . 2 . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> Celsr2 2 . 2 . . . . . . 1 4 . . . 1 1 4 . . . . 3 . . . . 1 . . .
#> Celsr3 . . . . . . . . 1 . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . .
#> Cenpe . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> Chrm1 3 . 2 1 3 . . . 1 . 1 . . . . 3 1 1 . 1 2 6 . . . . . . . .
#> Chrm3 . . . . . . . . . . 4 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> Chrm4 . . . 1 . . . . 1 . 3 . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . .
#> Chrm5 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> Cldn5 . . . . . . 9 . . . . . . 3 . . . . . . 1 . . . 1 . . . . .
#> Cmklr1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> Cnr1 . . . . . . . . . . 10 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> Crhr1 . . . . . . . . 1 . 1 . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . .
#> Crhr2 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> Csf1r . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> Cspg5 . . . . 1 . . 6 . 4 2 6 . . 5 . . 1 . . . 1 . . 1 1 4 . 1 .
#> Cx3cl1 6 . 4 3 . 1 . 2 4 4 3 . 1 . . 1 4 6 . 1 2 8 . . . . . . 2 3
#> Cx3cr1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> Cxcl12 . 2 . . . 2 1 . . . . 3 . . . 1 3 . 2 . . 1 2 1 . . . . 5 5
#> Cxcr4 . . . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> Cysltr2 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2 . . . . .
#> Ddr1 . . . . . . . . . 1 1 2 1 . 2 . . 2 . . . . . . . . . . . .
#> Ddr2 . 1 . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . . 2
#> Dlk1 . . . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> Drd1 . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> Drd2 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> Drd5 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> Ednra 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> Ednrb . . . . . . . . . 1 . 2 2 . 4 . . . . . . . . . . . 1 . 1 .
#> Efemp1 . . . . . . . . . . . 3 . . . . . . 4 . . . 1 . 1 . 1 . 1 1
#> Egfr . . 1 . . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . .
#> Emcn . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> Eomes . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> Epha1 . . . 1 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> Epha2 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> Epha3 1 . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> Epha4 3 1 2 2 1 . . . 3 3 1 1 . 1 . . 5 2 . 1 . 1 . . . . . . 1 .
#> Epha5 1 . . . . . 1 . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> Epha6 2 . . 6 1 . . . 3 1 6 . . . . . 1 . . . . 2 . . 1 . . . . .
#> Epha7 2 . . . 1 . . . . 3 1 . . . . . . 1 . . . 1 . . . . . . . .
#> Epha8 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> Epha10 . . 1 . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> Ephb1 . . . . . . . . . . . . . . 1 . . 1 . . . . . . . . . 1 . .
#> Ephb2 . . . 1 . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1
#> Ephb3 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2
#> Ephb6 . . 1 . . . . . 1 . 1 1 . . . . 1 . . 2 1 2 1 . . . 1 . . .
#> Erbb2 . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> Erbb3 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> Erbb4 1 . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 . .
#> F2r . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . .
#> F2rl3 . 1 . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> Fgfr2 . 1 . . . 1 . . . . . . 1 . 1 . . . . . . . 2 . 1 . 1 . 1 .
#> Fgfr3 . . . 1 . . . 2 . 1 . 6 2 . 3 . . . . . . . . . 1 . 6 1 . .
#> Fgfrl1 . . . . . . . 2 . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . .
#> Flt1 . . . . . . 2 . . . . . . 1 . . . 1 . . . . . . 5 . . . . .
#> Flt3 1 . 1 . . . . . . . 1 . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . .
#> Flt4 . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> Fn1 . 2 . . . . . . . . . . . 2 . . . . 9 . . . 6 . 2 . . . 3 2
#> Fpr1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> Fzd1 . 1 . . . . . . . . . . 1 . . . . . 1 . . . . . . . . . . .
#> Fzd2 . 1 . . . 2 . . . . . . . . . . . . 4 . . . 1 . . . . . . 2
#> Fzd3 4 . 1 . . . . . . 1 . . 1 . . 1 . . . . . 3 . . . . 2 . . .
#> Fzd4 . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . .
#> Fzd5 . . . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> Fzd6 . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 . . . 1 . . . . . . 1
#> Fzd7 2 . . . . . . . . . . . . . . . . . 2 . . . 1 1 . . . . 2 1
#> Fzd8 . 1 . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 . 1 . . 1
#> Fzd9 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> Fzd10 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> Gabbr1 6 1 2 2 3 . 2 2 3 . 4 1 3 . 1 4 2 2 . 3 . 6 . . . . 3 1 . .
#> Gabbr2 1 . 2 1 . . 1 . 1 1 1 . . . . 2 2 2 . . . 6 . . . . . . . .
#> Gad1 2 . 2 . . . . 1 . . 4 . . . . . . 1 . . . 4 . . . . 1 . . .
#> Galr1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> Gcgr . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> Gfap . . . . . . . 5 . 2 1 5 43 . 1 . . . . 1 3 . . . 3 4 8 4 . .
#> Ghsr 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> Gipr . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . .
#> Gjc3 . . . . . . . . . . . . 3 . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> Glp2r 2 . . . . . . . . 3 . . . . . 1 1 . . . . . . . . . . . . .
#> Gpbar1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> Gper1 . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . .
#> Gpr1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> Gpr4 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 . . .
#> Gpr6 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> Gpr17 . . . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . 1 . .
#> Gpr20 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> Gpr21 . . 1 . . . . . . . 2 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> Gpr22 1 . 1 2 . . . . 1 2 1 . . . . . 1 . . 1 . . . . . . . . . .
#> Gpr26 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> Gpr27 . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . 1 2 . . . . . . . .
#> Gpr34 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> Gpr37 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> Gpr37l1 . . . . . . . 2 . 2 2 11 8 . 9 . . . . . . . . . 2 . 14 1 . .
#> Gpr45 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . .
#> Gpr52 . . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> Gpr55 . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . .
#> Gpr61 . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . 2 1 1 . . . . . . . .
#> Gpr62 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> Gpr63 . . 1 . . . . . 1 . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . .
#> Gpr75 . . . . . . . . . 2 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1
#> Gpr83 . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> Gpr85 . . . . 1 . . . 2 . . . . . . . 1 . . . . 2 . . . . . . . .
#> Gpr101 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> Gpr135 . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> Gpr139 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> Gpr146 . . . . 1 1 1 1 . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . 2 2
#> Gpr153 . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> Gpr156 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> Gpr157 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> Gpr158 1 . . 1 . . . . 1 . 5 . . . . . . . . 1 . 2 . . . . . . . .
#> Gpr160 . . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . .
#> Gpr161 . . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . . . 1 . . . . . . . .
#> Gpr162 1 . 2 1 1 . . 1 1 . 5 . 1 . 3 . 3 . . 1 . 3 . . . . 1 . . .
#> Gpr173 . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1
#> Gpr176 . . . . . . . . . . 1 . . . . . 1 1 . . . . . . . . . . . .
#> Gpr182 . . . . . . . . . . . 1 . . . . . . 1 . . . . . . . . . . 5
#> Gpr183 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> Gprc5b . . 1 . . . . 1 . . . 3 . . 1 . 1 1 . . . 1 1 . 1 1 . . . .
#> Gprc5c . . . . . 2 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3
#> Gramd3 . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . .
#> Grin2b 2 . 2 2 . . . . 4 . 1 . . . . 5 1 2 . 3 . 5 . . . . . . . .
#> Grm1 . . 2 1 . . . . 3 2 1 . . . . 1 1 1 . 1 . . . . . . . . . .
#> Grm2 1 . . . . . . . 1 1 . . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . .
#> Grm3 . . . . . 1 . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . 3 . 1 . . .
#> Grm4 . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> Grm5 5 . 1 1 3 . . . 1 1 1 . . . . 5 2 2 . 2 . 7 . . . . 1 . . .
#> Grm7 1 . 2 . . . . . 4 4 7 . . . . 3 2 3 . . . 2 . . 1 . . . . .
#> Grpr . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> Hcar1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . . . 5
#> Hcrtr2 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> Hrh1 . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> Hrh2 . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . .
#> Hrh3 . . . . . . . 1 . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> Htr1a . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . .
#> Htr1b . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . . . .
#> Htr2a . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> Htr4 . . 2 . . . . . . 1 1 . . . . . 1 1 . . . 1 . . . . . . . .
#> Htr5a . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> Htr5b . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> Htr6 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 . . .
#> Htr7 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> Igf1r 1 . . 1 2 . . 1 1 . 2 1 . 3 . 1 . 1 . . . . . . 1 . . . . .
#> Insr . . 1 1 2 . 1 . 1 . 1 . . . . 1 1 1 1 . . 2 . . . . . . . .
#> Insrr . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 5
#> Kcnj8 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 8 . . . . .
#> Kdr . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . . . 1 . . . . .
#> Kiss1r . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> Kit . . . . . 3 . . . . . . . . . . . . 1 . . . 1 . . . . . . 8
#> Lgr4 . . 1 . . 1 . . . 1 . . . . 1 1 . . 2 . . . 1 . . . 3 . . 1
#> Lgr6 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> Lhcgr . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> Lmod1 . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> Lmtk2 2 . 1 . 1 . . . 1 1 1 . . . . . 3 2 . . . 1 . . . . . . . .
#> Lpar1 . 2 . . . 1 . . . . . 2 . . . . . . 2 . . . 1 . . . . . 1 1
#> Lpar2 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> Lpar4 . . . . . 1 . . . 1 1 . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . .
#> Lpar6 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 .
#> Man1a . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . 2 . . . . . . . 1 . . .
#> Mas1 . . 2 2 . . . . 1 . 3 . . . . 1 . . . 2 . 1 . . . . . . . .
#> Mc4r . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> Mc5r . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> Mchr1 . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> Mertk . . . . . . . . . . . 1 . . 3 . . . . . . . . . . . 3 . . 1
#> Mlc1 1 . . 1 . . . 3 . 2 . 1 2 . 3 . . . . . 1 3 . . . . . . . .
#> Mrgpre . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 .
#> Mrgprf . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . . . .
#> Musk . . . . . . . . . . 1 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> Myh11 . 21 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> Nmbr . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> Npy1r . . 1 . . 1 . . . . . . . . . . . . 1 . . . 1 . . . . . . 1
#> Npy2r 2 . 1 . 1 . . . . 2 . . . . . . 1 1 . . . 3 . . . . . . . .
#> Nrp1 1 . 1 1 1 . . . 1 . 1 1 . . . 2 . 3 . . . 1 . . . . 1 . . .
#> Nrp2 . . . . 1 . . 1 1 . . 1 . . . . . . 1 . . . . . . . . . . .
#> Ntrk2 . . . . . . . 3 . 3 2 4 5 1 6 . . . . . 1 1 . . . . 4 3 . .
#> Ntrk3 5 3 4 1 3 2 . . 6 2 4 . 1 . . 3 3 . . 3 1 5 . . . . 1 . . 3
#> Ntsr2 . . . . . . . 4 . . 1 6 7 1 4 . . . . . . 1 . 1 1 1 12 3 . .
#> Olig1 . . . . . . . . . 1 . . 1 . . . 1 . . . . . . . . 1 . 2 . .
#> Opn3 . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . 2
#> Opn5 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> Oprm1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> Oxtr . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> P2ry1 . . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . 2 . . . . . . 2
#> P2ry2 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> P2ry4 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> P2ry6 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> P2ry12 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> P2ry14 . . . . . . . . 1 . . 1 . . . . . . . . . . . . 3 . . . 2 .
#> P2yr13 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> Pcdh15 . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> Pdgfra . 1 . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . 1 . . 1 . . . 1
#> Pdgfrb . . . . . 3 . . . . . . . . . . . . . . . . 1 . 2 . . . . 4
#> Peg10 . . . . . . . . . . 2 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> Pln . 5 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> Plxnb3 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> Ppp1r3g . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> Prokr2 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> Ptafr . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> Ptgdr . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . .
#> Ptger2 . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> Ptger3 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 2
#> Ptger4 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> Ptgfr . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> Pth1r . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . .
#> Ptk7 . . . . . 1 . . . . . 1 . . . . 1 1 . . . . . . 1 . . . . .
#> Ret . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> Rho . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> Ror1 . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> Ror2 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> Rrh . . . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . .
#> Rspo3 . . . . . . . . . . . . . . . . 1 . 2 . . . 2 . . . . . . .
#> Rxfp3 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . .
#> Ryk . 2 1 . . . 1 . 1 1 . 1 . . 1 . . 1 1 . . . . . 1 . . . . 1
#> S1pr1 . . . . . . . 4 . . . . . . 3 . . . . . . . . . . . 5 1 . .
#> S1pr2 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> S1pr3 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2 . . . . .
#> S1pr4 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> S1pr5 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> Sctr . . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> Selplg . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> Sema4d . . 1 1 . . . . 2 . 3 . . . . . 1 1 . . . . . . . . . . . .
#> Slc15a3 . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> Slc17a6 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> Slc17a7 9 . 9 4 4 . . 2 6 11 6 . . . 1 2 11 16 . 3 4 12 . . . . 1 . . .
#> Slc17a8 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> Slc25a18 . . 1 . . . . 1 . 1 . 3 1 . 1 1 . . . . . 1 . . . . . . . .
#> Slc32a1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> Slc47a1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4 . . . . . . . . . . .
#> Slco1a4 . . . . . . 6 . . . . . . 2 . . . . . . . . . . 1 . . . . .
#> Smo 1 1 . . . 2 . . 1 . . 1 . . . . 1 . 2 . . . 1 1 . . . . . 3
#> Sox8 . . . . . . . . 1 . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> Sox9 . . . . . . . 1 . . . 1 1 . 1 . . . . . . 2 . . . . 3 1 . .
#> Sstr1 1 . 1 . . . . . . . . . . . . . . 1 . . . 2 . . . . . . . .
#> Sstr2 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> Sstr3 1 . . . . . . . . . 1 . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . .
#> Sstr4 . . . 1 1 . . . . 3 1 . . . . . 1 1 7 . . . . . . . . . 1 1
#> Syt4 2 . 2 . . . . . 1 4 1 . . . . . 2 2 . . . 4 . . . . . . . .
#> Taar2 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> Taar3 . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> Taar6 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> Taar7e . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> Tacr1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1
#> Tacr3 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> Tas1r1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> Tas1r3 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> Tas2r135 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> Tbxa2r . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . .
#> Tek . . . . . . 2 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> Tie1 . . . . . . 2 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> Timp4 . . . . . . . 1 . 1 2 1 1 . . . . . . . . . . . 1 . 1 1 . .
#> Tjap1 . . . . . 1 . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . .
#> Tmem108 1 . . 1 2 . . . . 2 2 . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . .
#> Traf4 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> Trhr 1 . 2 . 1 . . . 1 1 3 . . . . 2 4 1 . . . . . . . . . . . .
#> Tyro3 . . . . . . . . 1 1 . . . . . 2 . . . . . . . . . . . . . .
#> Uts2r . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> V1ra8 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> Vipr1 . . 1 . . . . . . 1 . . . . . 1 1 . . . . . . . . . . . . .
#> Vmn1r40 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> Vmn1r43 . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> Vmn1r46 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2 . . . . .
#> Vmn1r50 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> Vmn2r1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#>
#> Abcc9 . . . ......
#> Ackr1 . . 1 ......
#> Ackr3 1 . . ......
#> Adcyap1r1 7 1 1 ......
#> Adgra1 1 2 1 ......
#> Adgra2 . 1 . ......
#> Adgra3 . . . ......
#> Adgrb1 2 . . ......
#> Adgrb3 1 1 . ......
#> Adgre1 . . . ......
#> Adgrf2 1 . . ......
#> Adgrf4 . . . ......
#> Adgrf5 . . . ......
#> Adgrg1 . 2 . ......
#> Adgrg2 . . . ......
#> Adgrg4 1 . . ......
#> Adgrg6 . . . ......
#> Adgrl1 2 2 1 ......
#> Adgrl2 . 1 . ......
#> Adgrl3 . 1 . ......
#> Adgrl4 . 5 . ......
#> Adgrv1 . . . ......
#> Adora1 . 2 . ......
#> Adora2a . . . ......
#> Adora2b . . . ......
#> Adra1a . . . ......
#> Adra1b . . . ......
#> Adra1d 3 . . ......
#> Adra2a . 1 . ......
#> Adra2b . . . ......
#> Adrb1 1 . . ......
#> Adrb2 . . . ......
#> Agtr1a . . . ......
#> Aldh1l1 . . . ......
#> Alk . . . ......
#> Amigo2 . . . ......
#> Anxa11 2 . . ......
#> Aplnr . . . ......
#> Aqp4 . 1 . ......
#> Arhgap29 . . . ......
#> Ascl1 . . . ......
#> Atp13a5 . . . ......
#> Avpr2 . . . ......
#> Axl . . . ......
#> Baiap2 6 1 . ......
#> Bdkrb1 . . . ......
#> Bdkrb2 . . . ......
#> Blank-161 . . . ......
#> Blank-155 . 1 . ......
#> Blank-152 . . . ......
#> Blank-148 . . . ......
#> Blank-145 . . . ......
#> Blank-139 . . . ......
#> Blank-128 . . . ......
#> Blank-127 . . . ......
#> Blank-104 . . . ......
#> Blank-95 . . . ......
#> Blank-83 . . . ......
#> Blank-80 . . . ......
#> Blank-69 . . . ......
#> Blank-57 . . . ......
#> Blank-45 . . . ......
#> Brs3 . . . ......
#> C1qa . . . ......
#> C1qb . . . ......
#> C3ar1 . . . ......
#> C5ar1 . . . ......
#> C5ar2 . . . ......
#> Calcrl . . . ......
#> Casr . . . ......
#> Cckbr . . . ......
#> Ccr1 . . . ......
#> Ccr2 . . . ......
#> Ccr9 . . . ......
#> Ccr10 . . . ......
#> Cd300c2 . . . ......
#> Celsr1 . . . ......
#> Celsr2 7 2 . ......
#> Celsr3 1 . . ......
#> Cenpe . . . ......
#> Chrm1 6 . . ......
#> Chrm3 . . . ......
#> Chrm4 . . 1 ......
#> Chrm5 . . . ......
#> Cldn5 . 12 . ......
#> Cmklr1 . . . ......
#> Cnr1 . . . ......
#> Crhr1 . . . ......
#> Crhr2 1 . . ......
#> Csf1r . . . ......
#> Cspg5 4 14 . ......
#> Cx3cl1 16 . . ......
#> Cx3cr1 . . . ......
#> Cxcl12 . 1 . ......
#> Cxcr4 . . . ......
#> Cysltr2 . . . ......
#> Ddr1 1 . . ......
#> Ddr2 . . . ......
#> Dlk1 . . . ......
#> Drd1 . . . ......
#> Drd2 . . . ......
#> Drd5 . . . ......
#> Ednra . . . ......
#> Ednrb . 1 . ......
#> Efemp1 . . . ......
#> Egfr . 2 . ......
#> Emcn . 1 . ......
#> Eomes . . . ......
#> Epha1 . . . ......
#> Epha2 . . . ......
#> Epha3 . . . ......
#> Epha4 6 1 . ......
#> Epha5 . . . ......
#> Epha6 2 . 2 ......
#> Epha7 1 . 1 ......
#> Epha8 . . . ......
#> Epha10 . . . ......
#> Ephb1 . . . ......
#> Ephb2 . . . ......
#> Ephb3 . 1 1 ......
#> Ephb6 1 . 1 ......
#> Erbb2 . 1 . ......
#> Erbb3 . . . ......
#> Erbb4 . 2 . ......
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